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Avisoft SASLab Pro 是一種多功能的聲音分析，編輯，分類和合成工具，用於動物聲學通信研究。它提供了先進完善的處理和分析工具，可以大大提高廣泛的聲音分析項目的效率，是一款功能强大的Windows應用程式（相容Vista/7/8/10）。

Chenomx NMR Suite 是一套核磁共振光譜軟體，針對核磁共振光譜圖 (Nuclear Magnetic Resonance, NMR spectroscopy) 信息處理及分析分子的結構的需求，由加拿大Chenomx公司專利核磁代謝體學分析技術開發，設計出完整的核磁共振光譜處理軟體，是一款NMR儀器研究者必備的工具。Chenomx NMR Suite 軟體應用在分子生物學等研究領域，研究者可利用軟體加速資料處理過程，快速確定生物分子的結構，進行代謝體學的分析。    

DNAMAN 是一款專門用於開發的高度集成化的分子生物學應用軟體，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質序列分析工作，包含多重序列比對，列如多序列比對、蛋白質分析、限制性酶切分析、質粒繪圖、PCR 引物設計等。這款軟體可便捷的分析各種複雜的運行，還可以直接模擬DNA運行狀態。是生命科學工作者、研究人員所必備的工具之一。支持的分析類型非常豐富，包括蛋白質分析、分子研究、引物分析、序列對比研究等模塊，DNAMAN掃描所有的序列記錄在默認的資料庫搜索當前序列的同源序列。DNAMAN軟體的資料庫功能，允許用戶組織DNA和蛋白質序列的不同科目。DNAMAN常在科學期刊中被高度引用的序列分析軟體。  

PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods) 4.0 Beta Sinauer Associates 公司的PAUP* 是目前使用最廣泛的演化分析軟體，其讀作Paup Star，而PAUP是Phylogenetic Analysis Using Parsimony 的縮寫。 PAUP*是一款用於構建進化樹（系統發育樹）並進行相關檢驗的軟體，包含了眾多分子演化模型和方法，可利用最大似然法、簡約法、距離法等方法分析分子數據（DNA、蛋白質序列）、形態學數據及其他類型的數據（如行為學數據）。該軟件主要用於演化生物學研究，也可用於生態學和法醫學研究。 PAUP* version 4.0 is a major upgrade and new release of the software package for inference of evolutionary trees, for use in Macintosh, Windows, UNIX/VMS, or DOS-based formats. The influence of high-speed computer analysis of molecular, morphological and/or behavioral data to infer phylogenetic relationships has expanded well beyond its central role in evolutionary biology, now encompassing applications in areas as diverse as conservation biology, ecology, and forensic studies. The success of previous versions of PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony has made it the most widely used software package for the inference of evolutionary trees. In addition, the PAUP manual has proven to be an essential guide, serving as a comprehensive introduction to phylogenetic analysis for beginning researchers, as well as an important reference for experts in the field. With the inclusion of maximum likelihood and distance methods in PAUP* 4.0, the new version represents a great improvement over its predecessors. In addition, the speed of the branch-and-bound algorithm has been enhanced and a number of new features have been added, from agreement subtrees to tests for combinability of data and permutation tests for nonrandomness of data structure. These, along with many other improvements, will make PAUP* 4.0 an even more indispensable tool in comparative biological analysis than were previous editions of the program and manual. PAUP* 4.0 and MacClade 3 use a common data file format (NEXUS), allowing easy interchange of data between the two programs.

SnapGene 是一款功能強大的分子生物學的軟體，SnapGene 提供規劃、視覺化介面和記錄實驗中分子生物程式，以最快和最簡單的方式呈現，輕鬆地規劃和模擬DNA操作，而且自動記錄在克隆項目中的步驟 Snapgene 可以做質粒圖譜、直觀的查詢酶切位點、標記基因片段屬性、直觀檢視引物所在位置，檢視開放閱讀框所編碼氨基酸、直觀的序列比對，還可以進行自動引物設計。